Klášter Sv. Anežky byl budován ve velkorysém měřítku ve třech fázích, ve dříve postavených částech můžeme rozeznat ještě pozdně románské prvky. Ty jsou nejvíce patrné právě v klášterním kostele sv. Františka, kde se mísí s nastupující gotikou.
Dnes je v prostorách kláštera umístěna stálá expozice středověkého umění Národní galerie a v jeho kostelech se konají koncerty klasické a duchovní hudby.