Katedrála sv. Cyrila a Metoděje je dnes známa také jako dějiště pohnutých událostí 2. světové války. Po atentátu na říšského protektora Reinharda Heydricha 27. května 1942 poskytli představitelé pravoslavné církve skupině sedmi československých parašutistů útočiště v chrámu. Bohužel je zde po několika dnech nacisté vypátrali a zaútočili na kostel. Parašutisté se do poslední chvíle bránili, a těsně předtím, než by byli nacisty zajati, se zabili. Jejich poslední slova, která na nepřítele volali, byla: "Nikdy se nevzdáme. Slyšíte? Nikdy! Jsme Češi."
Operace Anthropoid spustila vlnu nacistického teroru. Města Lidice a Ležáky byla srovnána se zemí, všichni mužští obyvatelé popraveni, ženy a děti odvlečeny do koncentračních táborů. Biskup Gorazd spolu s dalšími představiteli pravoslavné církve a jejich rodinami byli mučeni a popraveni za to, že poskytli úkryt parašutistům.
Dnes je v kryptě chrámu na připomenutí těchto událostí zřízen důstojný Národní památník hrdinů heydrichiády.
